Das Flash-Programm wird am Schluss der Entwicklung benötigt, um das Applikationsprogramm oder einen neuen ROM-Monitor in die MCU zu flashen.Durch das Umstecken des JP12 (programmieren) startet die MCU nach dem Reset den schon erwähnten Bootloader. Ist der CLK1-Pin High, so geht der Bootloader in den seriellen synchronen Betrieb, ist er Low (wie in dieser Schaltung), in den asynchronen. Im Gegensatz zum synchronen sind im asynchronen Modus nicht alle Quarzfrequenzen möglich, deshalb gibt Mitsubishi die Frequenzen an, mit denen es funktioniert. Tabelle 1 zeigt die möglichen Quarztakte und Baud-Raten für den M30624FGAFP, der M306N0FGTFP lässt sich dagegen nur bei 16 MHz, 10 MHz und 8 MHz flashen.